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生物信息服务

数据库构建与软件开发
 

1) 基于oracle, SQLServer, MySQL的生物数据库开发,并提供文本格式、Blast格式的数据库,同时在用户需要的情况下提供基于J2EE、Web的数据库系统。 提供特定的数据整合,如特定疾病的相关基因生物信息数据整合,与Pathway相关的数据整合。
2) 可以按照实验室的要求,实现特定的算法实现, 并可以提供基于B/S及C/S网络架构的实验室管理信息系统(LIMS)
3) 生物医学相关数据的统计分析及软件开发

蛋白质相互作用分析
 

1) 利用数据库搜索(DIP,BIND数据库)提供某特定蛋白相关的相互作用蛋白,进而做出相互作用图谱。
2) 利用统计算法(如MLE、SVM、NN 等)进行相互作用预测
3) 利用我们自己开发的In Silico Two-hybrid System进行预测
4) 利用我们自己开发的SmartTextMining自动文本搜索软件进行特定蛋白的相互作用分析。

基因组的生物信息学分析
 

1) 两条或多条序列的局部比对、全局比对
2) 查找多条序列中的保守序列
3) EST的基因组定位
4) 密码子统计、序列分子量、等电点等理化性质分析
5) 查找CpG岛、短重复序列、开放阅读框、转录因子等
6) 基因预测、启动子分析
7) RNA二级结构预测
8) EST拼接、Contig拼接
9) RNA干扰及反义核酸序列的设计
10) Promoter预测

蛋白质相关的信息分析
 

1) 蛋白质亲/疏水性、等电点、抗原性分析及跨膜蛋白,信号肽等性质分析和相似性分析
2) 蛋白二级结构预测
3) 核酸结合位点预测与搜索,蛋白跨膜位点预测
4) 蛋白组成、分子量、等电点、亲水疏水等理化性质分析
5) 蛋白抗原区域分析,蛋白酶切位点分析
6) 蛋白Motif搜索

引物/探针设计
 

1) 核酸引物、PCR引物、测序引物及杂交探针的设计与评价
2) 用于细菌种属分类的杂交探针设计
3) 用于SNP检测的探针设计
4) 探针的非特异性分析

计算机辅助药物设计
 

1) 进行2D-QSAR及3D-QSAR分析
2) 进行分子动力学模拟
3) 基于受体结构的对接、从头药物设计
4) 基于药效团的药物设计
5) 虚拟筛选,组合库设计

微阵列数据分析
 

1) 对基因芯片的表达谱数据进行预处理与归一化分析
2) 使用多种统计方法筛选具有显著性差异表达的基因
3) 对差异表达基因数据进行多种聚类分析,并给出树状图
4) 结合基因分类(gene ontology)、信号转导数据库(KEGG),进行相关路径分析、差异表达基因的功能分类、所属信号通路分类等

 

生物医药信息学

加生物医药业发展前景乐观吸引华裔新移民从业
“禽流感”唤醒国民健康意识
生物基因检测:疑是李鬼又重来
化学药物临床药代动力学研究技术指导原则
化学药物非临床药代动力学研究技术指导原则
第三届全国新药药代动力学学术研讨会(2006-5 上海)
生物信息学的发展现状和展望
 

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